Bij de behandeling van een longembolie is het eerste doel om het bloedstolsel te laten verdwijnen en ten tweede om het ontstaan van een nieuw stolsel in de toekomst te voorkomen. Daarbij krijgt de patiënt stolsel-oplossende en bloed-verdunnende medicijnen. Meestal duurt de behandeling met deze medicijnen een half jaar. Als het bloed van de patiënt na dit halfjaar nog steeds een verhoogde stollingsneiging heeft, dan is het soms nodig dat de patiënt een levenslange behandeling met deze medicatie krijgt. Na de longembolie zal het merendeel van de patiënten na de behandeling weer alles kunnen doen wat zij gewend waren. Wel is het raadzaam om sporten waar het lichaam zwaar en statisch bij belast wordt, zoals krachtsporten en gewichtheffen, en sporten waarbij er een groot gevaar op verwonding niet meer uit te voeren. Ook kunnen mensen die bloed-verdunnende en/ of stolsel-oplossende medicijnen gebruiken beter niet dieper duiken dan drie meter.
Bij pulmonale hypertensie krijgt iemand een behandeling afhankelijk van de oorzaak. Als bijvoorbeeld hartklachten de oorzaak zijn van pulmonale hypertensie, moeten eerst de onderliggende hartklachten behandeld worden. Bij chronische trombo-embolische pulmonale hypertensie (CTEPH) volgt soms een operatie. Ook kan er een longtransplantatie of hartlongtransplantatie worden uitgevoerd. De behandeling van pulmonale arteriële hypertensie en van chronische trombo-embolische pulmonale hypertensie dienen volgens de richtlijn plaats te vinden in gespecialiseerde PAH-centra.
Naast de verschillen in behandeling voor de diverse vormen van pulmonale hypertensie wordt een patiënt vaak behandeld met verschillende medicijnen zoals bloedverdunners en/ of diverse soorten vaatverwijdende medicijnen. Deze verminderen de klachten en verbeteren zo de kwaliteit van leven. Doordat er tegenwoordig effectieve medicijnen beschikbaar zijn is de levensverwachting flink vergroot. Zo is de kans dat een patiënt na twee jaar nadat de diagnose is gesteld nog leeft gestegen naar 90 procent.